Khamenei dikenal sebagai musuh besar Israel. Beberapa komentarnya membuat panas telinga pemimpin Israel. Komentar paling pedas Khamenei adalah Iran tidak pernah mengenal Israel. Negara ini juga secara terang-terangan mendukung Hamas. Hamas sendiri sudah dimasukan ke dalam daftar hitam terorisme oleh Israel.

Selain itu, Khamenei dan beberapa pemimpin Iran berjanji akan menghilangkan Israel dari peta dunia. Bahkan, beberapa pekan lalu, Khamenei menyatakan peristiwa pembantaian warga Yahudi oleh Nazi satu abad lalu, hanyalah sebuah ilusi yang tak nyata.